A AMAP possui um brasão, fruto de pesquisa do vice-presidente da instituição Domingos Lamarão. O elemento fundamental que está no centro do brasão é o escudo que contém o símbolo da Medicina, o bastão de Esculápio. O emblema também traz elementos que identificam o Amapá, como, o monumento Marco Zero do Equador, os baluartes da Fortaleza de São José e ramos do Amapazeiro e da Bacabeira. Além da espada de Francisco Xavier da Veiga Cabral que está por trás do escudo. As cores também remetem a bandeira do Estado, com exceção do marrom que é cor própria da Fortaleza de São José.